Objetivo: Analisar o incremento de cárie dental e potenciais fatores clínicos de risco para este incremento após 3 anos (1998-2001). Método: Foi realizado um estudo longitudinal prospectivo da cárie dentária no período de 1998 a 2001, numa amostra de 136 crianças, com idade inicial entre 12 e 30 meses, na cidade de Feira de Santana-BA cuja água de abastecimento é fluoretada, sendo as crianças avaliadas em três diferentes momentos: baseline, após 01 ano e após 3 anos. Nos três momentos foram realizados exames bucais para detecção de cárie dental (índice ceos), presença de placa visível e mancha branca nas superfícies vestibulares dos incisivos superiores e presença de molares. A análise dos dados foi feita mediante distribuições de frequências absolutas e relativas, obtenção de média, mediana e desvio padrão, e utilização dos testes qui-quadrado, Wilcoxon de postos sinalizados, Mc-Nemar e de Fisher. O nível de significância utilizado nas decisões estatísticas foi de 5,0%. Resultados: A prevalência de cárie dental no exame inicial foi de 5,9%, após 01 ano foi de 18,4% e após 3 anos foi de 40,4%, sendo o incremento de 39,7%. Comprovou-se associação significativa entre as variáveis mancha branca, placa visível e experiência pregressa de cárie com o incremento de cárie dental após 03 anos. Não se encontrou associação com a presença dos molares decíduos. Conclusão: A prevalência de cárie dental após 03 anos foi cerca de sete vezes maior que a encontrada no exame inicial e duas vezes maior do que após 01 ano. Os fatores clínicos de risco identificados neste trabalho são importantes indicadores do incremento da cárie em crianças de tenra idade.